Pascal Strupler ist Inhaber eines Lizentiats in Rechtswissenschaften der Universität Bern und eines Diploms des Institut des hautes études en administration publique (IDHEAP) in Lausanne. Er begann seine berufliche Laufbahn 1986 in der Eidgenössischen Steuerverwaltung des EFD, bevor er 1990 ins Bundesamt für Aussenwirtschaft wechselte. Als Sektionschef des Integrationsbüros EDA/EVD von 1995 bis 1998 war er Mitglied verschiedener Delegationen, die sich mit den bilateralen Verhandlungen zwischen der Europäischen Union und der Schweiz befassten.
Von 1998 bis anfangs 2003 war Pascal Strupler der persönliche Mitarbeiter von Bundesrat Pascal Couchepin. Von Februar 2003 bis Dezember 2009 war er in der Funktion des Generalsekretärs des Eidgenössischen Departements des Innern tätig.
Seit dem 1. Januar 2010 war er Direktor des Bundesamts für Gesundheit. Diese Stelle hat er im September 2020 verlassen, um neue Herausforderungen aufzunehmen.